通勤手当の非課税限度額の改正について
令和７年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、通勤のため自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。この改正は、令和７年11月20日に施行され、令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当（同日前に支払われるべき通勤手当の差額として追加支給するものを除きます。）について適用されます。
このため、改正前に、改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合には、令和７年分の年末調整で対応が必要となることがあります。
1.マイカー通勤手当の非課税限度額
| 通勤距離区分（片道） | 課税されない金額（非課税限度額） | |
|---|---|---|
| 改正前 | 改正後（令和７年４月１日以後適用） | |
| ２㎞未満 | （全額課税） | 同 左 |
| ２㎞以上10㎞未満 | 4,200円 | 同 左 |
| 10㎞以上15㎞未満 | 7,100円 | 7,300円（＋200円） |
| 15㎞以上25㎞未満 | 12,900円 | 13,500円（＋600円） |
| 25㎞以上35㎞未満 | 18,700円 | 19,700円（＋1,000円） |
| 35㎞以上45㎞未満 | 24,400円 | 25,900円（＋1,500円） |
| 45㎞以上55㎞未満 | 28,000円 | 32,300円（＋4,300円） |
| 55㎞以上 | 31,600円 | 38,700円（＋7,100円） |
2.年末調整での対応
非課税限度額の引上げは令和7年4月1日に遡り適用されるため、改正前の非課税限度額を超えて源泉徴収（課税）されたものがある場合には、年末調整で精算する必要があります。年末調整で精算する際の具体的方法は、
- 改正前の非課税限度額に基づき所得税等の源泉徴収をした（課税された）通勤手当のうち、改正後の非課税限度額によって新たに非課税となった部分の金額を計算
- 令和７年分の源泉徴収簿の余白に「非課税となる通勤手当」と表示して、イの計算根拠及び新たに非課税となった部分の金額を記入
- 源泉徴収簿の「年末調整」欄の「給与・手当等①」欄に、「給与・手当等」欄の「総支給金額」の「計①」欄の金額からロの新たに非課税となった部分の金額を差し引いた後の金額を記入
- 3による差引後の給与の総額を基に年末調整を行う
3.中途退職・入社における対応
令和7年4月1日以降に中途退職した者に支給していた通勤手当が改正前の非課税限度額を超えており、新たに非課税となる金額がある場合には、既に交付した源泉徴収票を再交付する対応をとることになります。
また、令和7年4月1日以降に前職の会社を退職し、中途入社した従業員がいる場合で、前職で課税された通勤手当がある際には、改正後の非課税限度額に基づき前職の会社から再交付された源泉徴収票の提出を受ける必要があり、それを踏まえて年末調整を行います。
担当：橋本 拓也